Sepanjang 2008 hingga 2009, tercatat sejumlah kasus hukum yang berujung pengenaan Pasal makar. Sebelumnya, 1 Desember 2007, aparat kepolisian Timika, Kabupaten Mimika menangkap 36 warga yang mengibarkan Bintang Kejora di Kelurahan Kwamki Lama, Distrik Mimika Baru. Tujuh dari 36 orang yang ditahan dijadikan tersangka dan diajukan ke Pengadilan dengan tuduhan makar.
Pada 3 Maret 2008, warga Manokwari yang terdiri dari unsur masyarakat, West Papua National Authority (WPNA) dan Badan Eksekutif Mahasiswa melakukan aksi demo menolak Peraturan Pemerintah No. 77 Tahun 2007 tentang Lambang Daerah. Aksi kembali terjadi pada 13 Maret 2008. Ujungnya: penangkapan sembilan peserta yang kemudian ditetapkan sebagai tersangka kasus makar. Salah satu dari terdakwa tergolong anak-anak.
Pada 19 Maret 2008 kepolisian Resort Manokwari mengubah status seorang warga yang, sedianya hendak dijadikan saksi, menjadi tersangka kasus makar.
Di pengujung 2008, terjadi penangkapan terhadap Buchtar Tabuni dan Sebby Sembom. Keduanya dikaitkan dengan kasus di gerbang Kampus Uncen dan depan Ekspo Waena, pada Kamis, 16 Oktober. Mereka diduga sebagai aktor di balik rencana aksi demo massa dalam rangka mendukung peresmian International Parliament of West Papua (IPWP) di London, Inggris, 15 Oktober 2008. Aksi itu dituding bermuatan makar dan dianggap melawan aparat keamanan sebagai aparat penegak yang sah di Negara Kesatuan Republik Indonesia. Buchtar divonis 3 tahun penjara, dianggap terbukti melakukan penghasutan. Tuduhan makar yang dialamatkan kepadanya tidak bisa dibuktikan Jaksa Penuntut Umum.
Medio 2008, 49 orang ditangkap di Fakfak dengan dugaan mengibarkan Bintang Kejora di Gedung Pepera, pada 19 Juli. Dari 49 orang, 9 ditetapkan sebagai tersangka makar.
Lalu, pada 3 April, ratusan warga Nabire melangsungkan demo dukungan bagi pemunculan International Lawyers for West Papua (ILWP) di London.inggris Mereka membentangkan dua spanduk besar, sejumlah pamflet dan gambar-gambar bermuatan pelanggaran HAM di Papua. Lima belas orang ditangkap, 7 tertembak. Di pihak polisi, satu anggota terkena panah. Ke-lima belas orang yang ditangkap ini kemudian didakwa sebagai pelaku tindakan makar.
Sebagian besar wujud ekpresi masyarakat Papua berakhir di pengadilan dengan tuduhan makar. Pasal makar telah menjadi instrumen hukum utama aparatus negara untuk